赫章縣新石器時期屬“赤水”部落。
夏時，縣境為梁州之南荒服地。
商周為鬼方。
春秋為牂牁國西北徼外。
戰國時屬夜郎國。
秦始皇二十六年（前221），屬漢陽縣。
漢初漢陽縣被廢，漢武帝建元六年（前135），復置，隸犍為郡。漢永初二年（108），將犍為南部改置犍為屬國，治朱提，漢陽屬之。
蜀漢時改犍為屬國為朱提郡，領漢陽等5縣。
晉至南齊，隸南寧州朱提郡。梁太清二年(548)，地方豪族爨瓚占據寧州，所屬郡縣俱廢，漢陽縣行政建制解體。
唐代置羈縻小州，今縣境屬寶州。天寶十年（751），附南詔。
宋屬烏撒部。元至元十年（1273），烏撒部附元，十三年（1276），置烏撒路，十五年（1278），設烏撒軍民總管府，二十一年（1284），改為烏撒軍民宣撫司，二十四年（1287），升為烏撒烏蒙宣慰司，隸云南行省，今縣境屬烏撒轄地。
元順帝至元元年（1335），改隸四川行省。
明代，今縣境一直為烏撒所轄。洪武十四年（1381），烏撒附明，置烏撒土知府，隸云南布政司；十五年（1382）置烏撒衛指揮司，隸云南都司；十六年（1383）改隸四川布政司。永樂十二年（1414），改隸貴州都司。
清康熙四年（1665），裁烏撒衛，置安寧府；五年改稱威寧府，今赫章屬之。雍正八年（1730），降威寧府為州，今縣境屬之，至清末。
民國二年（1913），威寧改州為縣；七年（1918），威寧縣得勝坡分縣移治赫章，改稱赫章分縣；三十一年（1942），隸屬貴州省第四行政督察區。
1950年，隸屬貴州省畢節專區。今屬畢節市。
2007年末，轄27個鄉鎮457個行政村。
【行政區劃】
截至2013年，赫章縣轄21個鄉（其中少數民族鄉12個）、6個鎮，456個村、9個社區。
轄城關鎮、白果鎮、媽姑鎮、財神鎮、六曲河鎮、野馬川鎮、水塘堡彝族苗族鄉、達依鄉、興發苗族彝族回族鄉、松林坡白族彝族苗族鄉、雉街彝族苗族鄉、珠市彝族鄉、羅州鄉、雙坪彝族苗族鄉、鐵匠苗族鄉、輔處彝族苗族鄉、可樂彝族苗族鄉、德卓鄉、河鎮彝族苗族鄉、安樂溪鄉、結構彝族苗族鄉、朱明鄉、古基鄉、哲莊鄉、古達苗族彝族鄉、威奢鄉、平山鄉。
