自唐宋就實行羈縻統治。
宋大觀元年(1107年)始置。
元至元十六年(1279年)改為安定縣。為曉愛瀘洞赤溪等處、卑帶洞大小田等處;德明洞、禿羅等蠻夷長官司地,屬思州軍民安撫司。
明洪武五年(1372年)置邛水、得民、曉益、陂帶、團羅五長官司;二十五年(1392年)并為邛水一十五洞蠻夷長官司,屬思南宣慰司;永樂十二年(1414年)以邛水一十五洞蠻夷長官司隸鎮遠府。
清雍正十年(1733年)改設邛水縣丞,為鎮遠分縣。雍正十二年(1734年)添設鎮遠縣丞一員分駐邛水司地。
民國二年(1913年)以邛水縣丞地置邛水縣,屬黔東道;十三年(1924年)改靈山縣;十六年(1927)易名三穗縣。相傳縣城附近稻田中,一株水稻并出三穗,故名。
1950年,屬鎮遠專區。
1956年,劃入黔東南苗族侗族自治州。
1958年,撤銷三穗縣,并入鎮遠縣。
1962年,恢復三穗縣。
1958年12月20日,國務院全體會議第82次會議決定:撤銷岑鞏、三穗2縣,將原2縣的行政區域全部劃歸鎮遠縣。
1962年10月20日,國務院全體會議第117次會議決定:恢復三穗縣,以合并于鎮遠縣的原三穗縣行政區域為三穗縣的行政區域。
1996年,三穗縣轄5個鎮、4個鄉。縣政府駐八弓鎮。
截至2013年,三穗縣轄5個鎮、4個鄉:八弓鎮、臺烈鎮、瓦寨鎮、桐林鎮、雪洞鎮、滾馬鄉、長吉鄉、款場鄉、良上鄉。 159個村,5個居民社區。